补发工资的扣税方式如下：
补发的工资可以按补发月份所属期的费用扣除标准来计算个人所得税，不与发放当月的工资薪金合并计算缴纳个人所得税。
计算公式为：所属月份补发工资应纳税额 = {[（所属月份补发工资 + 原所属月份的工资薪金所得） - 费用减除额] × 适用税率 - 速算扣除数} - 原所属月份已缴纳的个人所得税。
补发的工资应合并当月的工资薪金收入计算缴纳个人所得税。
计算公式为：应纳税所得额 = 月工资、薪金收入 - 法定费用扣除标准 - 其它允许扣除费用；应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
目前的费用扣除标准为每月5000元。
工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
如果补发工资是由于劳动仲裁或法院判决而发放的，需要更正之前税款所属期的申报。
请根据具体情况选择合适的扣税方式，并确保在规定的时间内完成税款的申报和缴纳。