如果您在应急车道行驶被处罚后想要申诉，可以按照以下步骤进行：
首先，您需要缴纳相应的罚款。
然后，前往当地交通支队了解违章的具体情况。
带上您的身份证、驾驶证、行驶证以及处罚决定书的原件及复印件。
在申请书中详细说明违章的情况，并提供任何支持您申诉的证据，例如行车记录仪视频、医疗记录等。
将填写好的行政复议申请书和相关材料提交给当地公安机关交通管理部门或者违章地的交警队。
提交申请后，您需要等待上一级公安机关交通管理部门的复核结果。
请注意，如果您无法提供足够的证据来证明您的情况属于特殊情况（如车辆故障、身体不适等），交警可能不会消除违章记录。此外，申诉需要在收到处罚决定后的60天内进行。