在处理工伤纠纷时，双方可以通过以下方式协调：
双方在友好、自愿、互谅的基础上，通过直接对话摆事实、讲道理，分清责任，通过相互沟通解决纠纷，达成和解协议。
如果协商不成，可以向本企业工伤纠纷调解委员会申请调解。
调解不成功或者达成调解协议后不履行的，可以向工伤纠纷仲裁委员会申请仲裁。
协商不成也无法达成调解协议的情况下，可以依据劳动仲裁法规提起仲裁。
对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
协商赔偿应基于真实意思表示，不得通过欺诈、胁迫等手段达成赔偿协议。
赔偿标准不得低于《工伤保险条例》规定的最低标准。
若用人单位未缴纳工伤保险费，则需由用人单位支付全部工伤赔偿项目。
协商达成的和解协议具有法律效力，不履行协议的一方可以申请法院强制执行。
以上步骤和注意事项可以帮助双方合理、合法地解决工伤纠纷。